Seine Schulzeit verbrachte der Schauspieler an der "Glenbard West High School", bevor er sein Musik-Studium an der "Illinois State University" aufnahm. Sean Hayes brach das Studium jedoch vorzeitig ab und arbeitete in den Folgejahren als Pianist und Musikdirektor im "Pheasant Run Theater" in St. Charles in Illinois.
Den Wendepunkt auf Sean Hayes Steckbrief leitete 1995 sein Umzug nach Los Angeles ein: Dort startete er eine Karriere als Schauspieler, zunächst auf der Bühne, später in Film und Fernsehen. 1996 debütierte er in dem Kurzfilm "AundP" in der Hauptrolle und nur zwei Jahre später ergatterte Sean Hayes erneut eine Hauptrolle in der Komödie "Billy's Hollywood Screen Kiss". Im selben Jahr übernahm er die Rolle des Jack McFarland in der Sitcom "Will und Grace", die ihm den internationalen Durchbruch bescherte.
Bis zum Serienende im Jahr 2006 erhielt der Schauspieler mehrere Auszeichnungen - so beispielsweise einen "Emmy" als "Bester Nebendarsteller", vier Mal einen "Screen Actors Guild Award" und einen "TV Guide Award" im Jahr 2001. Parallel zu dieser Rolle war Sean Hayes in diversen TV- und Filmrollen zu sehen wie in "Cats und Dogs - Wie Hund und Katz", "Martin and Lewis", "Scrubs - Die Anfänger" und "30 Rock".
Sean Hayes spielte nicht nur in der Serie "Will und Grace" den schwulen Jack, er ist auch im echten Leben homosexuell: Das gestand der Schauspieler allerdings erst 2010 im US-Magazin "The Advocate".